O processo de fermentação anaeróbica do café ocorre em condições onde o oxigênio é ausente. Isso é feito utilizando tanques fechados. Isso pode ser feito em tanques de fermentação ou em um cilindro de fermentação. A ausência de oxigênio torna a fermentação mais lenta e regulada, o que favorece a metabolização integral dos açúcares nos grãos de café. Como resultado, o café pode adquirir sabores mais ricos e uma acidez mais delicada.
A fermentação aeróbica, que é contrária à fermentação anaeróbica, acontece em condições onde há abundância de oxigênio. Neste processo, os grãos de café são deixados ao ar livre durante a fermentação. A existência de oxigênio possibilita a atuação de vários microrganismos, como as leveduras e bactérias, que têm um papel crucial na fermentação. Isso pode levar a um café com sabores mais vivos e uma acidez mais acentuada.